六月，大清兵大举围大凌河城，巡抚丘禾嘉遇于长山，败绩。
正月，宁塞逸贼，合环庆诸寇，屯镇原之蒲河，欲犯平原，走凤翔汉中，陕抚练国事、总兵董志义，遣兵各守要害，贼遂不敢出。既而，洪承畴从鄜州间道至，曹文诏以临洮兵至，贺虎臣兵亦至，会于西澳，各夹击贼，大小十余战，追奔数十里，斩首千余级，伤坠无算；而宁塞之寇息矣。惟浑天猴等尚据襄乐，练国事遂移镇宁州，时以西澳之捷，为用兵来第一。
正月，陕西原任通政使马鸣世上言：三秦为海内上游，延安、庆阳为关中屏藩，榆林又为延庆屏藩，无榆林必无延庆，无延庆必无关中矣；仍自盗发以来，破城屠野，四载于兹，良以盗众我寡，盗饱我饥，内鲜及时之饷，外乏应手之援。揆厥所由，缘庙堂之上，以延庆视延庆，未尝以全秦视延庆。以秦视秦，未尝以天下安危视秦；而且误视此流贼为饥民，至今势焰燎原，莫可扑灭。若非亟增大兵，措大饷，为一劳永逸之计，恐官军惊于东，贼驰于西…
初，崇祯四年六月乙酉，孔有德攻青州，庚寅攻登州。五年正月初二日庚子，张可大令副总兵张焘等与有德战，焘兵忽戴红巾，反兵击诸军，可大兵歼。马游击、陈良谟等死之。初三日辛丑，登州城陷。十三日辛亥，有德破黄县。十七日乙卯，以徐从治巡抚山东，谢琏巡抚登莱。四月十七日癸未，有德攻巢城，徐从治炮伤卒。六月癸卯，有德杀莱州知府朱万年。九月十四日乙酉，有德复入登州城，官军闱之。十一月，有德出战败走。十二月初三日丙…
十二月，令百官进马，三品以上，各贡一疋，余各进俱纳于御马监，实赉金贸之本监也。否则虽骏骥亦却之。
二月。谕吏部举潜修之士。科道不必专出考选馆员，须先历知推垂为法。先是，馆员多选庶吉士，至是以时方多故，欲知郡邑利弊，而重知推，亦时事之一变也。
五月，谕兵部，流寇蔓延各路。兵将功罪应有监纪，时命太监陈大金、阎思印、谢文举、孙茂霖为内中军，会各抚道分入曹文诏、左良玉诸营，纪功过、催粗饷，仍发内帑四万金、素红蟒段四百匹、红素千匹，军前给赏。用内官为监纪，即唐之鱼朝恩观军容使也。其失甚矣。呜乎！朝廷虽乏人，奈何使刑余之人，与知军国重事矣！
三月十五日丙午，山西兵击贼于阳城北。时，张道浚得罪家居，设伏于三缠凹，贼至伏起，生擒满天星。巡抚许鼎臣，献俘阙下，奏道浚功第一。四月五日丙寅，贼陷平顺。二十四日乙酉，曹文诏败贼子于阳城。五月二十九日庚申，文诏袭贼于偏店，贼尽南奔。诸将会兵逐之，夺马骡数千，贼自邯郸南走。六月，贼陷河顺。七月六日丙申，陷乐平。十一日辛丑，陷永和，旋陷沁水。十月贼至宁晋，寻据五台山。其中薪储皆具，险阻足守，官兵不敢击。
八月二十八日丁亥，陕西败，攻隆德，杀知县曹彦芳，分守固原参政陆梦龙，战于绥德城下，死之。十二月二十七日丙戌，贼陷镇安。时秦贼既尽入晋，流突畿辅，河南至数十万，而延绥贼首钻天哨、开山斧，犹据永宁关前，阻山险，下临黄河，负固数年不下。延绥巡抚陈奇瑜，谋取之，乃阳传总制檄发兵，简众七千人抵延州，迎潜师疾走入山，贼不虞大兵至，仓皇溃逸，焚其巢，纵击斩首千六百级，二贼死，分兵击贼首一座城斩之。延水贼悉平…
总理太监张彝宪，请入觐官投册以隆体统，许之。时二月也。袁继咸上言曰：士有廉耻，然后有风俗，有气节，然后有事功。今诸臣未觐天子之光，先拜内臣之座，士大夫尚得有廉耻乎？逆珰方张。时义子干儿，昏夜拜伏，犹以为羞，今且白昼公庭，恬不知怪，所为太息也。上以越职言事，责之；张彝宪奏辩，觐官参谒，乃尊朝廷。继咸复上言，尊朝廷，莫大于典例，知府见藩臬，行属礼，典例也。见内臣，行属礼，亦典例乎！诸司至京投册吏部各…
二月，监视登岛太监魏相，以给事中庄鳌献上太平十二策内请彻监视，因求罢。上不允，因贬鳌献于外。五月，陕西按察副使贺自镜，奏监纪太监孙茂霖玩寇。宣府太监王坤奏监军纪功罪耳，追逐有将吏在；果如自镜言，则地方官罪不在茂霖上矣。上不问。六月，叙禁旅功，荫太监曹化淳，世袭锦衣卫千户；袁礼、杨朝进、卢志德各百户，以击盗屡捷也。
六月罢各道监视太监。谕曰：朕御极之初，彻还内镇，举天下悉以委之。大小臣工比者多营私，罔恤民艰，廉谨者又迂疏无通谕。己巳之冬，京都被兵，宗社震恐，此士大夫负国家也。朕不得已用成祖监理之例；分遗各镇览视，添设两部总理，虽一时权宜，亦欲诸臣自知引罪。今经制粗立，兵饷稍清，诸臣亦应知者。其将总理监视等官，尽行彻回，以信朕之初心，惟关宁密迩外境，高起潜兼两镇暨内臣提督如故。
十一月，侍读倪元璐上言：边臣之情，归命监军，无事禀成为恭，寇至推委百出，阳以号于人曰：吾不自由也。陛下何不信赏必罚，以待其后，而必使近习之人，试之锋镝。又使藉口迄用无成哉！始陛下曰行之有绩，即彻。今行之无绩，益宜彻。不听。
二月，进延绥巡抚陈奇瑜，兵部右侍郎，总督陕西、山西、河南、湖广、四川军务。视贼所向，随方剿抚。先是，贼既蔓延，秦、晋、楚、豫之郊，流突无定，廷议以为各镇之事权不一，直相观望，宜以重臣开督府，统摄诸道兵讨贼。上允之，佥议洪承畴因陕西三边所恃，未可轻易，故有奇瑜之命。
洪承畴精韬钤，率曹文绍、曹变较、贺人龙等，凡破贼于宁塞、于西安、于延北、于西濠、于庄浪，斩贼渠神一魁等，招降中斗星等，先后剿获甚众，由是张献忠与延安贼李自成，奔盩鄠间。六月，陈奇瑜围自成于汉中车厢峡。会连雨四十日，弓矢俱脱，贼马乏刍，死者过半。自成大窘，乃自缚乞降。奇瑜许之，各给免死牌籍。七月七日辛卯，贼至凤翔，藉口奉督抚檄，安插城内，守臣知其诈，给以门不敢启，须缒城上。先登三十六人，尽杀之。奇…